La home page de votre site magento, réponds deux fois, la première sous http://www.votresite.com/ et la seconde sous http://www.votresite.com/accueil ou /home si vous n'avez pas modifié l'url réécrite.

Pour éviter le phénomène de double indexation de la home page dans votre .htaccess après

<IfModule mod_rewrite.c>

ajoutez

redirect 301 /votre_home http://www.votresite.com

Pour les plus audacieux, vous pouvez aussi forcer tout ce qui n'est pas www. dans l'url appelée à le devenir. Cela évite les duplicate content si vos pages répondent en www.votresite.com/ma-page.html et votresite.com/ma-page.html. (Attention néamoins si vous gérez des sous-domaines ou des boutiques multiples, il faut adapter !)

pour ce faire rajouter

RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www.votresite.com$
RewriteRule ^(.*)$ http://www.votresite.com/$1 [R=301]

avec les autres RewriteCond de votre fichier .htaccess

Ceci n'est pas valable que pour Magento, Joomla a également besoin d'une petite aide comme celle-ci sur le .htaccess :)